L'atome est tellement petit (de l'ordre de l'angström (10^-10 m) qu'il est impossible, comme beaucoup d'objet de le voir ... On ne peut donc pas l'observer directement pour le décrire. Il nous faut passer par ce que l'on appelle des observations indirectes.

Observer indirectement, c'est réaliser des expériences dont les résultats nous en apprennent plus sur la structure du corps étudié. Cela veut dire aussi qu'il s'agit de faire des hypothèses et de les vérifier.

Ces vérifications mènent à l'élaboration d'un modèle. Il ne s'agit ni d'un schéma, ni d'une photographie mais plutôt d'une idée de l'objet que l'on affine peu à peu. Un modèle n'est donc probablement pas la réalité.

Il permet en tout cas de conceptualiser, de matérialiser cet objet avec le plus d'exactitude possible. Chaque découverte affine un peu plus cette image que l'on en a. A tout moment, on confronte le modèle à ce que l'on voit (structure de molécules, ...) et on ajoute une couche (un concept) pour l'aider à expliquer ce que l'on voit ...

Un modèle, c'est comme un oignon, on a le noyau central qui fait l'image globale et on a différentes couches qui sont venue s'ajouter pour tenter d'expliquer un peu mieux la réalité.